奈米機器人（Nanodroid）是一種小動物，出現在生物中心實驗室裡。牠們的行為跟螢火蟲類似，純粹是用來營造氣氛的。奈米機器人有四種，各有不同的產生條件。任何一種捕蟲網都能抓到牠們。
玩家在兵工實驗室用可靠老釣竿釣魚時，故障奈米機器人有 79% 的機率一次被釣起 5 隻。
| 種類 | 產生條件 | 備註 |
|---|---|---|
| 奈米機器人 | 在叢林生物中心實驗室以外的所有生物中心實驗室產生。 | 持續發出藍光。 |
| 故障奈米機器人 | 在所有生物中心實驗室產生。 | 發出閃爍的紅光。 |
| 綠色瘟疫奈米機器人 | 在叢林生物中心實驗室產生。 | 發出閃爍的綠光。 |
| 紅色瘟疫奈米機器人 | 在叢林生物中心實驗室產生。 | 發出閃爍的紅光。 |
| 地表 | 披甲蟹・無畏金魚戰士・腐犬・沃夫倫增幅器・沃夫倫無人機・沃夫倫迴轉器・沃夫倫氣墊船・沃夫倫探測車・殭屍（戴水桶） |
|---|---|
| 地下層 | 紫水晶爬蟲・藍寶石爬蟲・黃玉爬蟲 |
| 洞穴層 | 鑽石爬蟲・翡翠爬蟲・紅寶石爬蟲 |
| 海洋 | ???・箱型水母・躄魚・海鱔 |
| 太空 | 氣流史萊姆・日光水黽 |
| 沙漠 | 琥珀爬蟲・刺胞獸・風暴蟻獅 |
| 雪原 | 霜凍獵犬 |
| 腐化之地 | 黑檀疫病史萊姆・腐巢腫瘤 |
| 猩紅之地 | 猩紅疫病史萊姆・穿孔者囊腫 |
| 硫火峭壁 | 災厄之眼・絕望之石・熾熱之靈・斯克里拉・吸魂者 |
| 硫磺海 | 海膽・磨牙龜・硫磺比目魚・毒鯰魚・拾荒鱷 |
| 沉沒之海 | 蛤蜊・富營養魟魚・幽靈鐘水母・稜背獸・漂浮扁蟲 |
| 深淵 | 箱型水母・砲彈水母・烏賊・雷射魚・流光石首魚・海鱔・皇帶魚・石板蟹・劇毒米諾魚・蝰魚 |
| 其他 | 超級假人 |
| 困難模式之前 | 王者史萊姆（紅寶石寶珠）・沙漠災蟲（沙漠擾蟲）・克蘇魯之眼・蟹菇王（蟹菇）・世界吞噬怪・克蘇魯之腦・腐巢意志（陰濕爬行者・腐巢團塊・黑暗之心）・穿孔者・蜂王・鹿角怪・骷髏王・史萊姆之神（腐化史萊姆幼體・猩紅史萊姆幼體・猩紅史萊姆幼體（帶刺））・血肉牆 |
|---|---|
| 困難模式 | 史萊姆皇后・極凍之核・雙子魔眼・水域災蟲・毀滅者・硫火元素（小硫火靈）・機械骷髏王・災厄複製體（大災變構造體・大災難構造體・靈魂追獵者）・世紀之花・利維坦（水生異變體）・黃金星辰（黃金星辰幼體）・石巨人・瘟疫使者歌利亞（瘟疫追蹤飛彈・瘟疫地雷）・光明皇后・豬龍魚公爵・毀滅魔像・拜月教異教徒・星神・月尊 |
| 月尊之後 | 守衛指揮官（褻瀆岩石）・癲狂龍鳥（龍群鳥）・褻瀆女神 普羅維登斯（守衛指揮官）・風暴編織者・無盡虛空（暗能量）・西格納斯（宇宙燈籠・宇宙地雷）・騷靈魔（幻影靈體・幻影・騷靈魔分身）・老公爵（硫磺鯊魚龍・牙球）・神明吞噬者・重生之龍 雅隆・XF-09 阿瑞斯（XS-01 阿提米絲・XS-03 阿波羅・XM-05 塔納托斯・XF-09 阿瑞斯）・至尊女巫・災厄（墳塚・大災難・大災變・靈魂追獵者） |
| 隱藏 Boss | 始源妖龍・THE LORDE・XB-∞ 赫卡蒂・Supreme Ultramage, Permafrost |
| 小 Boss | 岩顎沼怪・巨蛤（蛤蜊）・巨型沙鯊・撕裂者・核子恐懼 |
